Da de første menneskene kom ut til Vega i sine skinnbåter for 10 000 - 11 000 år siden, stakk bare tre bratte fjelltopper opp fra havet. Her, langt ute i havet, etablerte de fangststasjoner rundt på de bratte øyene og med Åsgarden lengst mot vest som hovedbosetting.
Havnivået lå da 80-85 meter høyere enn i dag. Vega var et av de første isfrie områdene på kysten og her var det rikelig med fisk og vilt. Da isen smeltet etter siste istid for 13 000 år siden, minket trykket fra iskappen. Langsomt begynte landet å heve seg, og for 3 000 - 5 000 år siden vokste et helt arkipelag med øyer, holmer og skjær langsomt opp fra havet på den grunne strandflaten. Dette er området som nå betegnes Vegaøyan.
Da de lave øyene ble tatt i bruk for rundt 1500 år siden, var det først som fangststasjoner for fiske, jakt og sanking.
Flere så etterhvert mulighet for bosetting på den store strandflaten. Folk slo seg ned på øyene fordi næringsgrunnlaget var sikrere der enn inne i landet hvor avlingene ofte var utsatt for uår. Det var først og fremst fisken som ga mat og inntekt. Den skrinne jorda ga fôr til et par kyr og noen sauer. De jaktet også på sel og sjøfugl. Den ville ærfuglen ga dyrebar, myk ederdun.
Over 80 av øyene har vært bebodd, noen så langt tilbake som fra 1400-1500-tallet. Bosettingen varte helt fram til for et par-tre tiår tilbake.
I dag er det bare fastboende på hovedøya Vega og på de mindre øyene Ylvingen og Omnøy, men i sommerhalvåret er mange på øyene for å passe ærfuglene og ta vare på landskap og bygninger.
